Une école doctorale (ED) est une fédération d’unités de recherche autour de thématiques scientifiques, qui a en charge le suivi administratif et l’ensemble des questions liées au doctorat. Elle est pilotée par un directeur et son conseil, incluant des représentants élus des doctorants, qui suivent et animent la vie de l’ED (cf. arrêté du 25 mai 2016 fixant le cadre national de la formation et les modalités conduisant à la délivrance du dipôme national de doctorat).
L'Université de Franche-Comté compte 4 écoles doctorales qui s’adossent sur 3 domaines de recherche : Sciences de l’Environnement et de la Santé (SES), Sciences de l’Homme et de la Société (SHS), Sciences pour l’Ingénieur et sciences Fondamentales (SIF).
Les ED se chargent de l'accueil individualisé, de l'inscription, de la soutenance et du suivi administratif des doctorants et des docteurs. Elles proposent à leurs doctorants des formations disciplinaires, scientifiques et toutes les formations ou actions complémentaires à la recherche qui leur sont propres en fonction de leur politique scientifique.
Depuis janvier 2012, nos écoles doctorales fonctionnenent à l'échelle de la Bourgogne Franche-Comté :
- l'ancienne ED HES a été co-accréditée avec son homologue de l’Université de Bourgogne (UB) créant ainsi l'ED Environnement santé ;
- les partenariats entre les ED LETS et LISIT sont renforcés ;
- l'ancienne ED Louis Pasteur est co-accréditée avec son homologue de l’uB et forme maintenant l'ED Carnot-Pasteur autour des sciences fondamentales ;
- l'ED SPIM a intégré deux unités de recherche bourguignonnes est forme maintenant l'ED de Bourgogne Franche-Comté qui regroupe les compétences en SPI et STIC.
En septembre 2013, les services administratifs des écoles doctorales ont été réunis à la Maison de l'université (1 rue Goudimel, 25030 Besançon cedex) et intégré au Bureau doctoral.
En cette rentrée, ce bureau devient la réunion des forces vives des écoles doctorales placée, en préfiguration de la COMUE, sous la seule autorité des directeurs des écoles doctorales.